Choroby papagájov možno rozdeliť do 2 skupín : infekčné a neinfekčné.
Neinfekčné:
- Vrodené (deformácie zobáku, končatín)
- Poranenia (zlomeniny, nárazy, popáleniny)
- Metabolické poruchy (nedostatok / nadbytok vitamínov), nedostatok minerálov
- Otravy (výpary teflónu, cigaretový dym)
- Psychózy
- Nádory
Infekčné:
- Parazitárne
- ektoparazity (vonkajšie) – svrab, švoly, klieštik
- endoparazity (vnútorné) – helminty (červy)
- pásomnice, motolice, hlísty
- protozoa – giardie, kokcídie
- Vírusové – PBFD, francúzske pŕchnutie, BFD, vtáčie kiahne
- Bakteriálne – salmonela, megabaktérie, listéria
- Plesne – aspergilóza, kandidóza